一、DIAMOND安装
DIAMOND用于序列比对，速度比BLAST快不少，安装也比较方便，这里介绍两种安装方式。
Linux命令安装
在linux服务器上，可通过如下命令安装：
# 下载压缩文件
wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.25/diamond-linux64.tar.gz
# 解压文件
tar xzf diamond-linux64.tar.gz
# 有root全新啊
sudo mv diamond /usr/local/bin
# 无root权限, ~/bin是自己当前目录下
mv diamond ~/bin上述命令参考自博客：DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件。若第一行命令运行缓慢，可以直接去 Github 上下载压缩文件，放到服务器中，接着执行下面的命令。若没有报错，那么DIAMOND就安装成功。
bioconda安装
其实还有更简单的安装方式，就是通过conda来安装，在服务器中执行如下命令：
conda install -c bioconda diamond前提是你得先安装anaconda。
二、DIAMOND的简单使用
DIAMOND并不具备BLAST的众多功能，其聚焦于序列比对，使用起来也非常简洁。你可以通过help查看有关diamond的相关命令：
diamond help建库
diamond makedb --in aaa.fa --db nr这个命令有两个参数：--in 输入蛋白质文件和--db 生成后缀为.dmnd的数据库文件。aaa.fa就是建库需要使用到的蛋白质序列，nr就是数据库名，可以自定义。
比对
diamond blastp --db nr -query bbb.fa -out ab.txt如果是蛋白质序列比对就是使用blastp，DNA序列比对就是使用blastx。另外这条命令有三个基本参数：nr表示数据库名（根据你建立的数据库而来），bbb.fa（保存查询序列的文件），ab.txt（查询结果输出文件）。
以上就是DIAMOND的安装和简单使用，在以后的使用中若遇到重要的地方再来更新。
解决了
大神您好，感谢您的分享。我是一个完完全全的研0生信小白，最近导师让我用orthofinder 进行低拷贝直系同源基因搜寻，我是用的乌班图，orthofinder已经下好了，如果要使用的话是不是还要安装DIAMOND、MMseqs2、MCL、FastME等安装包呢？如果是的话是直接打开乌班图就安装还是在orthofinder下安装这些安装包呢？期待您的回复
不好意思这个不太清楚，没有接触过