关于DSSP的安装教程有很多，方式也不尽相同，这里我介绍一种个人觉得最便利的方法，通过anaconda安装相关库： conda install -c ostrokach dssp 注意这种安装方式仅仅是在linux环境上才生效，关于windows下利用anaconda进行安装的方法并不是很清楚，感兴趣的可自行百度。github 上下载源码进行安装：…

一、Protein Data Bank 蛋白质数据库（Protein Data Bank，简称PDB）是一个专门收录蛋白质及核酸的三维构资料的数据库。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问，是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威，各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的…

一、基本概念 ​ 溶剂可及性（solvent accessibility）一般描述为可及表面积（access surface area，ASA）或者是 溶剂可及表面积（solvent-accessibility surface area，SASA），是溶剂可接触的生物分子表面积。 ASA的测量通常以平方埃为单位进行描述（分子生物学中的标准测量单位）…

一、BLAST+下载 在ncbi官网下载压缩包：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/： 根据操作系统选择合适的版本，我使用的服务器版本是64位linux操作系统，则选择ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz。可以在本地下载，解压缩后…

POSSUM 网站一共给出了21种PSSM的”变形“，这21种”变形“出自13篇不同的论文，我简单阅读这13篇论文，对各个PSSM做了一个简单的归纳，为了与原始论文中的描述一致，下面描述中采用的PSSM的维数为（蛋白质长度，20），与维基百科正好相反。 一、21种”变形“PSSM POSSUM的原论文： Wang J, Yang B et al. …

[mathjax] ​ 最近应导师要求，需要在POSSUM网站上生成氨基酸序列对应的21种以PSSM为基础的特征，博主本身从未接触过PSSM，因此想记录一下整个学习过程。 一、什么是PSSM ​ PSSM全称是“position-specific scoring matrix”，翻译成中文为“位置特异性打分矩阵”，也称为“位置比重矩阵”。对于氨基酸…

一、DIAMOND安装 DIAMOND用于序列比对，速度比BLAST快不少，安装也比较方便，这里介绍两种安装方式。 Linux命令安装 在linux服务器上，可通过如下命令安装： # 下载压缩文件 wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.25/diamond-l…