月度归档: 2022年7月

3 篇文章

溶剂可及性(三)DSSP和biopython
关于DSSP的安装教程有很多,方式也不尽相同,这里我介绍一种个人觉得最便利的方法,通过anaconda安装相关库: conda install -c ostrokach dssp 注意这种安装方式仅仅是在linux环境上才生效,关于windows下利用anaconda进行安装的方法并不是很清楚,感兴趣的可自行百度。github 上下载源码进行安装:…
溶剂可及性(二)Protein Data Bank
一、Protein Data Bank 蛋白质数据库(Protein Data Bank,简称PDB)是一个专门收录蛋白质及核酸的三维构资料的数据库。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问,是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威,各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的…
溶剂可及性(一):基本概念
一、基本概念 ​ 溶剂可及性(solvent accessibility)一般描述为可及表面积(access surface area,ASA)或者是 溶剂可及表面积(solvent-accessibility surface area,SASA),是溶剂可接触的生物分子表面积。 ASA的测量通常以平方埃为单位进行描述(分子生物学中的标准测量单位)…